할일 모음

1. 현재 육종 및 평가중인 종의 특성과 관련된 유전학적 특성 정리.
(그나마 레퍼런스는 잔뜩있으니 정리만 하면 된다... 정리만... orz)

2. 연천 지역의 최근 4개월간 기상 데이터 총 정리. + 기상학적 분석 보고서.
(그런데 나 기상학 수업 들은게 언제적이더라... 그리고 미시 기상학 책은 어디있지... -_-)

3. 3월달 근무상황부 작성.
(워낙 출장이 잦아서 날짜가 기억나지 않아... orz)

4. 방사선 처리한 실험 샘플 조사.
(장자는 나비이며 나비는 곧 장자니라... orz)

5. 알옹께서 부탁하신 자료 정리
(그래. 이건 단순한 부탁일 뿐이야. 절대 압박이 아냐. 단지 내가 일이 좀 많을뿐(......))

+ 출장 하나 취소될듯. 대신 업무량 2배 크리.(.........)

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DNA의 분리

시간이 없는 관계로 무진장 간단히.

1) Plasmid DNA  분리

주요 중점목표
- 단백질과 잡핵산(RNA)외에도 유전체 DNA라는 까다로운 물건을 제거해야함

뭔수로?
- 플라스미드와 유전체 DNA를 비교하면 당근 유전체 DNA가 크다. 그점을 쓴다.(....)

Method 1 : Alkaline Lysis

첫번째 : SDS + NaOH를 통해 세포를 용해시킴. 이때 단백질이 분해되면서, DNA가 변성됨.
두번째 : 아세트산나트륨을 처리하여 중화. 크기가 작은 플라스미드 DNA는 이중가닥으로 재생되나, 크기가 큰 유전체 DNA는 제대로 복원되지 못하고 불규칙한 형태로 됨.
세번째 : 원심분리. 찌꺼기들은 크기가 크므로 하층에, 플라스미드는 상층에 위치함.
네번째 : 순수 플라스미드 정제. 에탄올이나 이소프로판올을 사용하면 된다.

Method 2 : Boiling

첫번째 : 세제와 박테리아를 넣고 끓인다. 유전체 DNA는 세포막에 붙어있게 되고, 플라스미드는 크기가 작은 관계로 이탈하게 된다.
두번째 : 원심분리하여 상층액을 뽑는다. 이후 과정은 위와 같다.

버뜨 이건 시간 오래 걸리고 순도높이기가 힘들기 때문에 잘 안씀.

Method 3 : Money

자주 거래하는 화공약품점을 통해서 플라스미드 추출 전용 Kit를 구매한다. 해당 Kit을 구매하면 대량의 샘플을 빠른 시간동안 처리할 수 있으며, 특히 노가다가 많이 줄어든다. -_-

하지만 정산을 할때마다 나가는 자금의 문제는 내가 알 바 아니다.(...)

2) 박테리아 유전체/동물세포 유전체 DNA 분리법

이건 남들 다 할줄 아니까 패스. -_-
(사실 이것도 Money를 써서 전용 Kit를 쓰면 금방이다 -_-;)

3) 식물세포 유전체 DNA분리법

식물은 어떤 방법을 쓰든 다음과 같은 방법은 필수다. 고로 아무나 할 수 없다. -_-

선행 Method (?!) : 분쇄

식물을 분석하려면 일단 잘게 분쇄해야한다. 니가 서던을 하던 노던을 하건 웨스턴을 하건 일단 잘게 부숴야한다. 안부수면? 당연히 추출이 안된다. 이건 동물이나 박테리아에서는 할 필요도 없고, 할 생각도 없는 과정이다. -_-

하지만 식물 조직은 대체적으로 부드럽기 때문에 쉽사리 분쇄가 안된다. 어설프게 분쇄기로 넣는다고 해서 원하는 만큼의 효율이 나오지 않는다. 최고의 효율을 가지려면? 막자사발로 아주 가루를 만들면 된다. 하지만 부드러우니 안갈린다. 그래서 액체질소를 쓴다.(...)

사실 액체질소로 냉각하는 방법은 여러 이점이 있는데, 가장 큰 이점은 DNA가 아닌 RNA추출에서 나온다. RNA는 상온에서는 금세 제 형태를 상실하거나 RNase에 의해 분해되기 때문에, -70도로 보관하는게 추천되며, -196도인 액체질소는 저 조건을 충분히 만족한다.(...)

버뜨, 샘플에 액체질소처리를 한 다음 막자사발로 아무리 갈아봐야 샘플 녹으면 끝이다. 그렇기 때문에 가장 좋은 방법은 샘플과 막자사발을 통채로 냉각시키는것(...)이다. 여러가지 꼼수가 있지만 이거만큼 확실한 방법은 없다. 대신 한여름에도 손이 시려운 경험은 피해갈 수 없을거다. 물론 보호장구는 확실히 해둬라. 안그러면 동상걸린다.

만약 지금 있는 실험실, 혹은 일하고 있는 연구소가 장비가 빠방하다면 분쇄장치가 있을거다. 하지만 잊지 말아라. 분쇄장치를 통째로 냉각하지 않는이상 결과물은 원하는 나오지 않는다. 극소수의 장비 빼고는 저거 택도 없으니 장비를 쓸 생각은 거의 포기하는게 좋다. -_-
(난 장비를 통째로 액체질소에 담그는 만행(?)으로 인시수를 절감시키는데 성공했다.(...))

Main Method : CTAB Method

식물세포가 다른 세포보다 어려운 이유는 여러가지가 있는데, 탄수화물(특히 셀룰로오스), 2차 대사물질, 핵산분해효소등이 다른 세포에 비해서 엄청나게 많이 존재하기 때문이다. 저들을 한번에 넉다운 시킬 필요가 있는데, 여기에 사용하는 물질이 바로 CTAB다. 뭔 약자인지는 검색해봐라. 다 나온다. -_-;

CTAB는 양이온 세제의 역할을 하는데, 문제는 이녀석이 저런 방해물질을 DNA와 분리시켜주는데, 그 방법이 결합이라는 점이다. 당연히 DNA도 고염의 조건에서 CTAB와 결합한다. -_-

이걸 해결하는 것은 Chloroform. 이후에는 원심분리기로 잘 분리하고, DNase를 잘 죽이면 된다. 단지, 여러 특성상 대량의 DNA를 추출하는건 힘들수밖에 없다. -_-

물론 여기에도 Method : Money가 있다. CTAB를 이용한 분리과정이 생략되는 마법의 Kit(?!)인데, 시간이 거의 절반 가까이 줄어든다. 더 자세한 이야기를 하면 특정회사를 옹호하게 되므로 패스. 하지만 저런 좋은 아이템이 있어도 식물분석에는 무조건 액체질소 써야한다. -_-

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중간 & 기말 시험.

살아있는 세포를 Cool-Stage처리과정을 통해 SEM-FE로 촬영하는것.

아니 일단 학부생한테 낼 수준의 시험은 아니라 치더라도 Cool Stage 장비 올해 도입되는거잖아요... 대학교로 따지자면 저 장비 도입은 5손가락 안에 드는 순위권인디...

솔직히 우리라고 그거 쓰는 방법 알겠어요? 저거 쓰는 사람이 우리학교에 없잖아요?
왜 우리가 맨 먼저 해야하는데요? 고장내도 수리는 국가가 해준다구요?(......)

쉽게 해석
이번달 말에 도입되는 신장비를 통한 전처리로 살아 있는 세포를 전자현미경으로 촬영하는게 학부생 마지막 시험.

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SEM

EDX

SPM


누가보면 대학원생인줄 알겠다.

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이것이 수업
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1942년의 전설.

출처는 Plant Breeding & Biotechnology (2008) - Cambridge Univ.

In the Frozen midwinter of 1941-42, the grat metropolis of Leningrad began its epoc 900-day siege by the encircling German army. Throughout the ruined city, thousands of people were dying of cold, starvation, and shellfire. In the world's oldest essd bank, at the Institute of Plant Industry, a dedicated team of bteeders and curators sought to guard and preserve their priceless samples for posterity. THis collection of over 160,000 plant varieties had been set up in the 1920s by Nikolai Vavilov, the doyen of twentieth century plant breeding. Hardly any food reached the biologists as they maintained their protective vigil. One by one, they succumbed to starvation, surrounded by bags of edible seeds and tubers. The oat Curator L.M. Rodian died, as did rice curator D.S Ivanov, and peanut curator A.G Shtchuin, and seven more of their heroic colleagues, one of whom even expired at his desk, working until the end. When the city was eventually liverated in January 1994, the entire collection was intact.

...식물 분류학에 큰 영향을 끼친, 유전자 다원설의 기초. 그리고 2차대전 종전 이후 식량공급에 큰 영향을 줬던 육종계획은 이렇게 살아남을수 있었다.

내가 케임브리지를 더더욱 대인배라 부를수밖에 없다고 보는것은, 다른 나라의 이야기를 아무 부담 없이 끄집어내고, 그걸 서문에 올리면서까지 이 분야의 중요성을 강조했다는 점이다. 수많은 감자와 곡물을 옆에 두고 굶어 죽을수밖에 없었던 그들이야 말로 진정 인류를 구원한 사람들이 아닌가. 자칫하면 잊혀지기 쉬운부분을 잊지 않고 끄집어내다니.

역시 우물안 개구리라는건 그다지 좋은게 아닌건 확실하다. 그리고 난 아직 우물안개구리라는 사실에 좌절할뿐이다. OTL

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우물안 개구리, 육종
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Trouble Shooting 실패

아침 6시부터 8시까지 샘플 수집하고...

Tromethamine(2-amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol. 분생에서는 빠질수 없는 물건... -_-) 용액에 수집한 샘플을 푸욱 담근채로 랩까지 가지고온 다음 분석 시작하고... 밤 9시부터 교수님과 같이 분석하는데 데이터가 이상하게 나오네...;;

계산을 해보니까 이건 뭐 아주 멋진양을 자랑하네? 혹시나해서 Tromethamine용액에서의 특정 분석을 검증해보니 결과는 최악! 한마디로 전혀 궁합이 맞질 않는다. Ag+ containing single junction pH electrodes에 대한 내용은 있지만, 내가 하던 실험에 관련된 내용은 어디에도 없었음... OTL

결국 신뢰도 증명과 통계적 증명은 물건너갔구나. 아흑. OTL

이제 앞으로 해야 할 일은 왜 Tromethamine용액에서의 특정분석이 안되느냐를 증명하는것. 그리고 그걸 기반으로 새로운 실험방법을 찾는건데... Tromethamine의 특성을 보자면 꼭 저걸 쓸 필요 없이 다른걸 써도 된다는 생각이 들기도 하고... 저건 K대랑 컨텍해서 알아봐야 하려나...;;

여튼 실험의 왕도는 그래프가 예쁘게 나오는거다. 그래야 논문에 내기 좋으니까.(......)

그리고 생각해보니 중간과 내 논문은 물건너갔군... -_-

p.s 그러고보니 검증과정에서 썼던 pH electrodes가 single junction이었는지 Double junction이었는지 긴가민가 한데. 만약 single junction이라면 아까운 pH electrodes하나 버린거나 마찬가지라고 생각하는게 편하고... 예산은 없...OTL;;
(AgCl인건 맞으니까... 월요일날 이거 이야기하면 조교형님들한테 깨지겠군... 난 교수님 지시대로 한건데. T_T)

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실험 날렸음
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What the hell?!

증류수 200리터 언제 다 멸균처리하지. -_-

아니, 증류수 200리터 받는거만해도 은근 귀찮단말이다.(...)

Posted by 단순한생각

OTL
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오늘은 이런 괴상망칙한 조형물이 있는곳에서 두리번두리번 거렸습니다. 네, 사실 학교에서 반강제로 차출시켰음. OTL

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거기서 만나뵌 Dr. Ian Wilmut. 에든버러대학교에 계신 분이고, 복제양 돌리의 탄생에도 깊게 개입을 하신분인데. 그분존안을 이런곳에서 뵐줄은 상상도 못했습니다!!! T_T

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역시 후덕하십니다.(응?) 좀 말이 빠르신탓에 동시통역하시는 분이 참 고생 많으셨다는.
아직 능력이 안되서 오리지널 영국발음 그대로 들어서 이해하기는 무리.

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덤으로 이어령 선생님도 한컷. 아마 국문학자분에 내가 확실하게 기억하는 몇 안되는 분이 아닐련지.(...)
원래부터 알고있었다구요! 절대 저기서 뵈어서 기억하는게 아닙니다!

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솔직히 저 두분을 만나뵌거 빼고 이 행사는 그다지 만족스럽지 않았습니다. 식권이 있는데도 불구하고 밥도 제대로 안주고말야... 일류 컨퍼런스를 지향한다고 하지만, SOC부족에 가건물로만 때운 컨퍼런스장, 그리고 광고만이 판치는 곳이어서 마땅한 정보는 얻은게 없네요. 다시 가고 싶지도 않고... -_-

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Conference, 바이오 코리아, 컨퍼런스
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AWS Report 081003/081004/081005

학교에서 쓸 데이터입니다. -_-;

081003 - Beta Vulgaris Birth+3
Min 13.7 (0430)
Max 25.2 (1530)
Wind 220-320 Max 2.0, Avg 1.1
Comment : Alltime Little Cloud.

081004 - Beta Vulgaris Birth+4
Min 15.5 (0130)
Max 24.7 (1400)
Wind 200-355 Max 2.4, Avg Lower 1.0
Comment : in moring Fog and Full Cloud, after 0900 Clear.

081005 - Beta Vulgaris Birth+5
Min 14.6 (0130)
Max 25.2 (1300)
Wind 292-94 Max 1.4 Avg 0.5
Comment : Alltime Full Cloud.

그러고보니 Beta Vulgarius 사진도 찍어야겠구나;; 싹난지가 언제인데 사진도 안찍어뒀어... OTL

Posted by 단순한생각

AWS Report, Beta Vulgarius
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동병상련

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...MSN의 오늘의 대화명에서 동질감을 느끼고 말았다. 아아 실험이여. -_-;;

Posted by 단순한생각

동병상련, 실험실이 다 그렇지 뭐
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기억의 그곳은 과연 언제쯤 갈수 있으리.

- 단순한생각

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